Hace lo que le dices, en este fragmento pones repetidamente en la variable $query un valor que se va reescribiendo a cada paso del bucle y al final ejecutas una consulta con el último valor.
Código PHP:
for ($i = 0; $i < sizeof($codigoTrab); $i++) {
$query="UPDATE nmmarcacion SET MAR_HORLUN='$MAR_HORLUN[$i]', MAR_HEDL='$MAR_HEDL[$i]', MAR_HENL='$MAR_HENL[$i]', MAR_HORMAR='$MAR_HORMAR[$i]',
MAR_HEDM='$MAR_HEDM[$i]', MAR_HENM='$MAR_HENM[$i]', MAR_HORMIE='$MAR_HORMIE[$i]', MAR_HEDMI='$MAR_HEDMI[$i]', MAR_HENMI='$MAR_HENMI[$i]',
MAR_HORJUE='$MAR_HORJUE[$i]', MAR_HEDJ='$MAR_HEDJ[$i]', MAR_HENJ='$MAR_HENJ[$i]', MAR_HORVIE='$MAR_HORVIE[$i]', MAR_HEDV='$MAR_HEDV[$i]',
MAR_HENV='$MAR_HENV[$i]', MAR_HORSAB='$MAR_HORSAB[$i]', MAR_HEDS='$MAR_HEDS[$i]', MAR_HENS='$MAR_HENS[$i]', MAR_HORDOM='$MAR_HORDOM[$i]',
MAR_HEDD='$MAR_HEDD[$i]', MAR_HEND='$MAR_HEND[$i]'
WHERE MAR_CODTRA = '$codigoTrab[$i]' AND (MAR_DESDE >= '$fechaDsd[$i]' AND MAR_HASTA <= '$fechaHst[$i]')";
}
echo $query;
$conexion->ejecutarQuery($query);
Tienes que ejecutar la consulta en cada paso del bucle.
Código PHP:
for ($i = 0; $i < sizeof($codigoTrab); $i++) {
$query="UPDATE nmmarcacion SET MAR_HORLUN='$MAR_HORLUN[$i]', MAR_HEDL='$MAR_HEDL[$i]', MAR_HENL='$MAR_HENL[$i]', MAR_HORMAR='$MAR_HORMAR[$i]',
MAR_HEDM='$MAR_HEDM[$i]', MAR_HENM='$MAR_HENM[$i]', MAR_HORMIE='$MAR_HORMIE[$i]', MAR_HEDMI='$MAR_HEDMI[$i]', MAR_HENMI='$MAR_HENMI[$i]',
MAR_HORJUE='$MAR_HORJUE[$i]', MAR_HEDJ='$MAR_HEDJ[$i]', MAR_HENJ='$MAR_HENJ[$i]', MAR_HORVIE='$MAR_HORVIE[$i]', MAR_HEDV='$MAR_HEDV[$i]',
MAR_HENV='$MAR_HENV[$i]', MAR_HORSAB='$MAR_HORSAB[$i]', MAR_HEDS='$MAR_HEDS[$i]', MAR_HENS='$MAR_HENS[$i]', MAR_HORDOM='$MAR_HORDOM[$i]',
MAR_HEDD='$MAR_HEDD[$i]', MAR_HEND='$MAR_HEND[$i]'
WHERE MAR_CODTRA = '$codigoTrab[$i]' AND (MAR_DESDE >= '$fechaDsd[$i]' AND MAR_HASTA <= '$fechaHst[$i]')";
echo $query;
$conexion->ejecutarQuery($query);
}