Cita: que se creen las dos tablas en la misma DB, asi mi web solo tiene que consultar una DB?
que se creen una tabla en una DB y otra tabla en otra DB para no poner demasiadas tablas en la misma DB (no se si puede ser malo una saturacion de tablas).
En realidad lo que está mal es el planteo que te propones desde el principio: Un sistema no debe crear tablas dinámicamente. Lo que se hace es generar una estructura
fija que sea capaz de administrar
dinámicamente todos los datos de todos los usuarios. Es decir, que sea capaz de manejar todas las alternativas que necesite.
Proponerte crear tablas para cada usuario (sea una o diez, es lo mismo), lo único que hará es que en algún momento pierdas control sobre la estructura de la base. ¿Qué pasará cuando debas administrar diez mil tablas, porque llegaste a 5000 usuarios?
Por otro lado te comento una cosa respecto a "partir" una base: Es una pésima idea.
Una base puede tener dos o novecientas tablas (trabajo con una empresarial que tiene 944 sólo en el área de testing), lo que importa es si ese conjunto compone un mismo sistema, si es así, entonces es una sola base de datos.
Lo que puedes crear son diferentes esquemas de datos para diferentes subsistemas. Pero eso sólo se hace por necesidades de seguridad o de funcionalidad. No para "achicar" las bases que usas.
Vuelve a lo básico y comienza a leer de nuevo.