Pues si tienes razón, si estuviera seleccionando de la tabla productos por ejemplo tendría sentido esa consulta... Pero está seleccionando de la tabla categorias.
Cita: SELECT ID FROM tabla WHERE ID = 99
puede que se esté refiriendo a un id relacionado con otra tabla y pueden haber varios id iguales. (Igual no hay nada que discutir, es lo mismo del principio)
...o estamos en un caso de mal diseño de una tabla.
En resumen hay que revisar esa consulta y usar count(*). Pasarse por el foro de mysql.
Saludos.