Hay un compilador C, el Pelles-C, en el que he visto que se pueden generar proyectos para móviles con Windows CE. No sé si puede servirte, en todo o en parte, pero es gratuito y ocupa poco espacio (algo menos de 40 Mb después de instalado), así que no se pierde nada con probar.
Puedes encontrarlo aquí:
http://www.thefreecountry.com/compilers/cpp.shtml
En esta página también puedes encontrar ejemplos para Pocket PC y Smartphone.
Saludos,