Hola:
Cuando haces submit, lanzas ese evento que puedes programar, y los popups también se pueden lanzar con ese evento, lo que no tengo claro es qué quieres realmente... si quieres hacer un submit a un popup, buesca en maestrosdelweb.com que yo mismo publiqué un artículo explicando como hacerlo... y si desde el popup quieres modificar la página, basta saber que el popup ve la página que lo abrió como el objeto opener (del tipo window).
Si quieres otra cosa, intenta explicarlo mejor.
Saludos