Quizás puedas editar el .htaccess para hacer que esa carpeta no sea modificada
Fijate que aquí
Código:
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|css|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
Estás indicando que le quita el index.php a todo lo que no sea index.php, images, css o robots.txt