Hola emprear,
Como siempre mil gracias.
Escribiendo así tal cual me lo indicaste, no funcionó...
pero hice unos cambios en el RewriteCond y ahora me funciona perfecto, por ejemplo, me quedó así:
Código:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !/(carpeta3|carpeta4)
RewriteRule ^(.*)/index.php$ sitios/index.php [NC,L]
Respecto a lo que me decís de la regla que se crearía un loop infinito, no me ocurre eso, sino que me funciona todo bien. Entiendo lo que me decís, pero tampoco entiendo porque así como te lo puse recién, es decir sin cambiar la extensión del archivo, me funciona.