Hola,
Como mencioné anteriormente yo uso igual Eclipse que NetBeans, simplemente me gusta mas NetBeans, pero lo siguiente no es directamente para llevarte la contraria, solamente como aclaración,
Cita:
Iniciado por Link_OOT 
... hay veces que porque le da la gana no encuentra métodos de clases (por ejemplo, el suspend de un hilo), ...
Por lo menos en ese caso es lógico que el suspend no aparezca de primero o a veces no aparezca completamente, puesto que según Oracle está deprecated y es sumamente aconsejable no usarlo. Aunque seguramente en ese caso es algo de configuración.
Cita:
Iniciado por Link_OOT ... lo mas grave que me ha pasado ha sido dejarme una aplicación funcionando por la noche, y a la mañana siguiente, sin que nadie le tocara, ya no funcionaba nada,
Eso es sumamente extraño, nunca me ha pasado en NetBeans ni en Eclipse, y con aplicaciones muy grandes. Lo que si es cierto es que NetBeans necesita mantenimiento de vez en cuando, el cache es recomendable borrarlo cada cierto tiempo igual que el metadata de Eclipse que es donde está el cache de este último.
Adicionalmente dependerá de como uses NetBeans o Eclipse, puesto que una vez presionaste Ctrl+S no hay vuelta de hoja, lo grabado ya está grabado, muy diferente si estas usando código generado automáticamente por algún plugin como el editor de Swing o VE en eclipse que algunas veces corrompen los archivos. O estas haciendo un deploy a un servidor JEE que tiene cache u otros motivos.
Cita:
Iniciado por Link_OOT No digo que eclipse sea perfecto, que no lo es, ...
Seguramente no hay ninguno perfecto, y cada quien se adapta al que mejor le funcione,
Saludos,