Sergiop21 tienes dos opciones realizarlo mediante comparaciones o realizarlo mediante array , explico lo segundo, realizas la consulta a tu base de datos (tabla privilegios) obtienes los id de los privilegios del usuario , lo almacenas en un array , luego lo recorres realizando la consulta a tu tabla aplicaciones, tratare de explicar a continuacion :
Código PHP:
Ver original//pseudcodigo xD
//select id_aplicacion, elimina, modifica, ingresa from privilegios where estado=0
// a continuacion obtienes todos los id de los privilegios que posees
// id_aplicaciones[]=$rows['id_aplicacion']
//realizas lo mismo con elimina, modifica, ingresa, de esta manera se obtiene el privilegio dentro de la aplicacion
//ahora realizas la query a tu tabla aplicaciones
// select ruta from aplicaciones where id_aplicacion= id_aplicaciones(recuerda primero ir pasando las posiciones del array a una variable)
// y posteriormente realizas un include ('$ruta');
Con estos datos debería ser suficiente.
Saludos.