buenas...
no recuerdo exactamente dónde y cómo lo hice -es lo malo que tiene cuando se es nuevo en un terreno desconocido-, pero existe la posibilidad de indicarle a ubuntu que no monte alguna partición cuando el sistema cargue. si bien recuerdo, lo que hice fue comentar o eliminar alguna linea en el archivo de configuración /etc/mtab o /etc/fstab. en todo caso, supongo que conociendo como se monta una partición automaticamente, debe ayudarte a lograr lo opuesto. encontre esta guía que explica como montar partición automaticamente; en adición se menciona algún programa que aparentemente maneja todo de una forma más cómoda, aunque no lo he intentado.
https://help.ubuntu.com/community/Au...ountPartitions