Hola,
¿Haz probado a ver la ayuda del comando 'jar', escribiendo 'jar' sin parámetros?
Cita: -C cambiar al directorio especificado e incluir el archivo siguiente
...
Ejemplo 2: utilice un archivo de manifiesto existente 'mymanifest' y archive todos los
archivos del directorio foo/ en 'classes.jar':
jar cvfm classes.jar mymanifest -C foo/ .
Saludos,