Hola Eragas!
Mirá, las (pocas) veces que usé plugins para colocar los comentarios de Facebook en WordPress, no se integraban absolutamente en nada con la plataforma. No sabría decirte si el plugin que usás es el caso, pero seguramente si probás de comentar con tu perfil FB vas a poder ver si te aparece en el conteo de comments de WP.
Estoy pensando en utilizar Disqus en algún proyecto pero aún no he tenido el tiempo para entrar un poco mas en el tema. Fijate si a vos te ayuda o ves alguna info interesante.
http://disqus.com/features/