Yo opino que nos muestres tu formulario para dejar de dar vueltas.
Si lo tienes así:
Código HTML:
Ver original<form action="file-upload.php" method="post" enctype="multipart/form-data"> Enviar estos archivos:
<br /> <input name="userfile[]" type="file" /><br /> <input name="userfile[]" type="file" /><br /> <input type="submit" value="Send files" />
para el primer archivo sería: $_FILES['userfile']['name'][0]
para el segundo archivo sería: $_FILES['userfile']['name'][1]
Saludos.