Sin animo de hacer grilla..es solo me gusta hacer comparaciones y me parecio buena idea tu propuesta asi que decidi hacer unas pruebitas, y bueno aqui se los comparto..
 
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Me parecio excelente cuando tome ambas consultas y compare los planes estimados de execucion... 
Me aparecio una mejora de 20 % vs 80% del EXISTS e IN respectivamente.. 
Pero ya viendolo bien.. la del EXISTS es una consulta diferente y por ende retorna resultados diferentes ... 
Esta seria la consulta equivalente utilizando el EXISTS..  
Código:
 
    SELECT *
    FROM    MiTabla a
    WHERE EXISTS (
                SELECT MAX(ID)
                FROM    MiTabla b
                GROUP BY FOLIO
                HAVING MAX(ID) = a.id
    )
  Y asi ambos querys me generaron exactamente el mismo plan estimado de ejecucion..con el  50 - 50 % de tiempo para ambos casos..  
En la practica, a mi me ha resultado indistinto tomar uno o el otro.. 
En fin..solo un comentario..      

 Saludos!