P. Eso no influirá entre el contenido de los div?
R. Depende de como maquetes el html.
P. Dejara intacto el contenido de cada uno de ellos independientemente de donde los coloque?
R. Lo mismo que el anterior... si realizas una correcta programacion, podra conseguir el random y todo lo demas seguira igual.
P. Eso lo tendría que realizar en un PHP y en cada una de las paginas tendida que decir que llamara a ese php??
R. Claro, por algo estamos en el foro de php, la solucion seria que hagas un random con la cantidad de imagenes y el numero resultante sea el que muestras.
Recomendación: Siempre, primero antes de crear un tema o preguntar en el foro, empieza por buscar en google, ya si no encuentras nada, recien aqui.
Ejemplo: Encontraras varios buenos ejemplos escribiendo en el buscador de google: "imagenes y random con php".
Suerte