Se me ocurrió algo al respecto y googleé... comprimes esos archivos 1 por 1, si es así, busca la forma de vaciar la memoria despues de comprimir cada archivo, mira te pongo un link sobre unset para liberar memoria aunque no hay nada claro...
http://www.php.net/manual/en/function.unset.php#105980
Espero que esa info te sirva.