Lo primero que te diria, es que si solo lo hace con el primero, es porque quizas solo tenga un indice tu arreglo... para esto, compruebalo haciendo esto:
print_r($lineas);
Luego, una posible solucion seria que reemplazes esto:
$archivos = $_POST['nombres'];
$inserta = nl2br($archivos);
$lineas = explode ( '<br />' , $inserta );
por:
$lineas = explode( '\n' , $_POST['nombres']);
y por ultimo... mas rapido aun ^^
Espero te sirva... Suerte