La forma como yo lo haría sería así:
Código PHP:
//Primero tengo el script en una variable:
$script="<script>alert('bu!');</script>";
//Luego el texto donde está el punto:
$punteado="Eran las tres de la madrugada cuando de pronto apareció un . misterioso";
//Por último insertamos el script donde está el punto:
$insertado=substr($punteado,strpos($punteado,".")).$script.substr($punteado,0,strpos($punteado,".")+1);
lo que dará como resultado esto:
Código:
Eran las tres de la madrugada cuando de pronto apareció un <script>alert('bu!');</script> misterioso
Espero haber entendido y no haber tomado tu pregunta muy literal.