tb tuve el mismo problema, viendo que no hay solucion en este topico, cosa que molesta un poco, les dejo la implementacion que realice, la diferencia esta en el uso de los correspondientes thead, tbody y a la hora de usar el append no olviden indicar que dentro del tbody de la tabla es en donde queremos agregar el html :)
HTML
<table id='tabla_destino' width='100%'>
<thead>
<tr>
<th>Item</th>
<th>Descripcion</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
</tbody>
</table>
JS
function addFila(){
var id = 0;
var trs = $('#tabla_destino >tbody >tr');
trs.each(function () { id = id+1; });
var datos = "funcion=addFila&id="+id;
$.ajax({
type: "POST",
url: "funciones.php",
data: datos,
success: function(msg){
var x;
x=$("#tabla_destino >tbody ");
x.append(msg);
}
});
}