tan simple como evitar el funcionamiento de un link, con el mismo js, es decir, si tiene js el link no se activa (
return false;) y llamas a la
función que te genera la ventana, si no tiene js activo no se ejecuta y el
link procede normalmente:
<a onclick="
funcion_ventana(); return false;" href="
http://url_sin_js_activado"></a>