Hola:
Me parece que te falta crear el fondo transparente de la miniatura:
$thumb = imagecreatetruecolor($ventanaAncho,$ventanaAlto);
$fondo = imagecolorallocate($thumb, 255, 255, 255);
imagefill($thumb, 0, 0, $fondo);
imagecolortransparent($thumb, $fondo);
// y el resto...
Saludos
