De su implementación veo que Ud. usa un vector de tipo Empleado en su clase Empresa. Si desea "borrar" un elemento de su listaEmpelados puede hacer esto:
Código Java:
Ver original//Antes debe de estar su condicional para borrar al Empleado
listaEmpleados[i]=null;//con esto borra al empleado de la lista.
con ello el elemento perderá la referencia a su contenido y el GC hará su trabajo liberando la memoría.