vamos por partes...para poder instalar los dos sistemas operativos debes tener al menos dos particiones en tu disco duro, o dos discos duros...
lee esto para ayudarte un poco
si ya tienes las dos particiones es solo cosa de instalar windows 2000 despues de 98, porque el reconocera que ya existe 98 en tu maquina y te va a preguntar cada vez que prendas el computador con cual sistema quieres partir...