Pues de forma "transparente" para tu programación sería usar el módulo de Apache "mod_rewrite" ..
Se basa en muchaaaa "expresión regular" .. pero si lo llegas a instalar y configuarar (yo no lo he probado) .. debería trabajar de forma trasnparente para tus scripts PHP que seguirían funcionando como hasta ahora (con tus contenido.php?id=tal .. y links así ..)
Si quieres ver la documentación oficial ...
http://httpd.apache.org/docs/mod/mod_rewrite.html
Un tutorial de uso:
http://www.phpfreaks.com/tutorials/23/0.php
(por cierto .. antes de nada .. si usas un servicio de hosting .. revisa que lo tengan instalado. En un phpinfo() en el apartado de Apache sale si tienen dicho módulo instalado ) ..
Y .. en PHP (a código ..) se puede hacer algo parecido:
http://www.zend.com/zend/spotlight/searchengine.php http://www.sitepoint.com/article/485
Un saludo,