Creo el problema es la versión de Apache que estas usando, según recuerdo el sitio oficial de Apache solamente distribuye versiones para Windows usando el VC6, por lo que no puedes usar un PHP VC9 con él.
En
www.apachelounge.com, puedes buscar versiones compiladas con VC9 que sean compatibles con el build de PHP que estas usando.
Saludos.