Hola de nuevo!
A mí también me pareció confuso, pero se da lo siguiente...:
- imagina que tienes las siguientes reglas.
1a. convierte A/todo.html en C.php?id=todo [L]
2a. convierte todo.html a D.php?id=todo
Para qué sirve la L? si tu escribes A/B.html, cumplirá la regla 1 y la 2. Pero tu le dices que no, que si cumple la 1, que se pare ahí. ¿qué pasa si no pones la L? Pues ni idea. Quizá para ganar tiempo y que no tenga que recorrer toda la lista siempre, o alomejor por si quieres que cumpla 2 cosas (la verad, no se me ocurre ejemplo alguno). Yo por si acaso, la pongo siempre.
Otra cosa, es que una vez se ha hecho un cambio de url mediante rewriterule, la url obtenida vuelve a pasar por las reglas, y sólo cuando no se transforma, la interpreta el servidor.
Te lo explican con más detalle y ejemplos en:
http://www.easymodrewrite.com/notes-last
Si investigas más, yo creo que lo que pedías inicialmente se puede resolver añadiendo alguna condición extra RewriteCond en la segunda regla, diciendo que la url no sea tipo /usuarios para que se cumpla, pero mis conocimientos de apache son escasos y no dan para tanto!
Suerte