Si no te he entendido mal, cargas es.php o en.php con las variables pero la url de la página será la misma, no? En este caso, creo que sí que es un error, ya que google o te va a detectar uno de los dos idiomas o se va a hacer un lio (creo, a no ser que su algoritmo ya distinga esto...).
Lo correcto sería que las url fuesen distintas, mediante subdominios o subcarpetas o simplemente adaptando la url al idioma..
Puedes leer lo que dice google al respeto:
http://googlewebmaster-es.blogspot.c...tilingues.html
saludos