es que si el ancho es 100% (osea todo), si la agregas margenes interior se sobrepasa.
en todo caso
width:98%;
padding:1%;
Entonces 1%(padding izquierda) +98% (width) + 1%(padding derecha) = 100%.
Puedes ver bien el modelo de caja:
http://www.w3.org/TR/CSS2/box.html
Para aprender más sobre el tema.