Estoy de acuerdo con gnzsoloyo, es una operación delicada que debes hacer con cuidado y solo si tienes los conocimientos técnicos para recuperar el estado de la base en caso de problemas. Dicho esto, si es mucho trabajo renombrar las tablas una por una, puedes hacer una consulta que genere los alter table y después ejecutarlos todos juntos como si fuese un script.
Código:
select
concat('alter table ',table_name, ' rename ',table_name, '_S;')
from
information_schema.tables
where
table_type='BASE TABLE'
and table_schema='TU_BASE'
Saludos