Hola
El problema es que el header está con posicionamiento absoluto, pero su padre no tiene declarado el posicionamiento, en consecuencia dicho posicionamiento absoluto se realiza con respecto a la pantalla y no al container.
Solo debes declarar el position a container.
Ya que estás estudiando aquí un muy buen
Manual
PD: en lo posible trata de usar mucho el position:absolute. Por ejemplo en este caso no es necesario.