tu problema puede que sea que no estas leyendo correctamente los archivos de jasper
por ejemplo se tiene una carpeta con el nombre "reportes" dentro del proyecto
-Aplicacion
--- imagenes
--- src
--- reportes
------Reporte1.jasper
--- etc
para leer correctamente el archivo "Reporte1.jasper" desde una aplicacion de escritorio
seria:
donde la primera linea nos devuelve la direccion desde donde se esta ejecutando el JAR
SALUDOS