Gracias FiruzzZ, justo eso es lo que estaba buscando, al final pude hacer algo como esto:
   
Código Java:
Ver original        prop.put("javax.persistence.jdbc.url", "jdbc:mysql://localhost:3306/comunicacion_sms");
        prop.put("javax.persistence.jdbc.password", "admin");
        prop.put("javax.persistence.jdbc.user", "root");
        EntityManagerFactory emf = Persistence.createEntityManagerFactory(PU,prop);
        EntityManager em = emf.createEntityManager();
  
Ya con esto puedo crear un archivo propiedades y con esto hacer que la configuracion se pueda realizar dinamicamente. 
Muchas gracias por tu ayuda!!