Gracias FiruzzZ, justo eso es lo que estaba buscando, al final pude hacer algo como esto:
Código Java:
Ver original prop.put("javax.persistence.jdbc.url", "jdbc:mysql://localhost:3306/comunicacion_sms");
prop.put("javax.persistence.jdbc.password", "admin");
prop.put("javax.persistence.jdbc.user", "root");
EntityManagerFactory emf = Persistence.createEntityManagerFactory(PU,prop);
EntityManager em = emf.createEntityManager();
Ya con esto puedo crear un archivo propiedades y con esto hacer que la configuracion se pueda realizar dinamicamente.
Muchas gracias por tu ayuda!!