Hola que tal, bueno ese problema es como el DBA configuro el servidor.
El da un tiempo de ejecucion a las consultas para que esten en corriendo, puedes revisar 2 cosas con el:
1.- Que les de mas tiempo
2.- Revisar el lock el DBA a lo mejor ya se saturo y con eso tu aplicacion termina.
Revisa el no hacer bloqueos, para esto utiliza NOLOCK, asi la carga de server bajara mucho.
