Hola,
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Iniciado por pcarvajal 
... 1. Necesito que no se inicie automaticamente, sino que se inicie en forma individual. Le agruegué dos botones para esto, pero no supe como hacerlo para hecharlos a andar individualmente. ...
Posiblemente, usa el Thread1.stop() para detener el hilo completamente, después crea un nuevo objeto Thread1 = new Threads(elJFrame).
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Iniciado por pcarvajal ... 2. Como puedo hacer para que los numeros del jtexfield1 se vayan desplegando en distintos colores?
(osea, el primero verde, el segundo azul y asi sucesivamente) ...
Revisa la clase java.awt.Color, seguramente tiene métodos para usar colores RGB y generarlos aleatoriamente, o puedes hacer una lista en un array y llevar un índice en un contador, cada vez que se llame al método paint le cambias el color al TextField.
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Iniciado por pcarvajal ... 3. Como puedo darle la ubicacion y posicion en el formulario a los jtextfield y a los botones? Intenté darle ancho y alto al formulario, a los campo de texto y a los botones en el initComponents con la propiedad setBounds pero no se me reflejaban los cambios al compilar. ...
Yo use un FlowLayout, los componentes se van agregando uno tras otro y no se les puede cambiar la posición, solamente el tamaño con setSize, setMaxSize y setMinSize. Para ordenar los componentes en un formulario puedes usar otros Layout que si lo permitan, o no usar Layout y colocarlos manualmente con setBounds.
La idea de mostrarte un ejemplo es para que tengas una base donde investigar y comprender bien los conceptos que lo hacen funcionar. De allí en adelante es tu decisión analizarlo e investigar cada punto, o consultar en el foro cada duda específica que tengas sobre alguna parte del código que no comprendas.
Saludos,