Al hacer el request te está devolviendo un HTML que contiene la etiqueta form y toda la pesca, y tú se lo estás metiendo como innerHTML al select, lo raro sería que te funcionara.
Debes eliminar el tag form y select, y dejar
sólo los options en ciudades.php.
Cita:
Iniciado por IsaBelM 
es lo que parece, pero no. el primer adyacente es text object
Sí pero según tengo entendido, hasta no hace mucho IE esos nodos de texto vacíos no los reconocía. Yo usaría nextElementSibling (desde IE9, creo), y si no existe entonces hacer un fallback a nextSibling, porque significa que es IE y que no va a contar con los nodos de texto.
No sé si se me entiende
Saludos (:
Edit: Efectivamente, nextSibling no reconoce los nodos de texto vacíos hasta IE8 inclusive.