en bucle for solo toma primer valor

[controler]

<?php
require ('conexiones.php');
?>
<script type="text/javascript">
var elemento = new Array();
var latitud = new Array();
var longitud = new Array();
var altura = new Array();

<?php

for($r = 0; $r<count($elemento); $r++){

echo 'elemento['. $r .'] = "'. $elemento[$r] .'";';
echo 'latitud['. $r .'] = "'. $latitud[$r] .'";';
echo 'longitud['. $r .'] = "'. $longitud[$r] .'";';
echo 'altura['. $r .'] = "'. $altura[$r] .'";';
}
?>
</script>

En el archivo conexiones.php es donde estan los arrays php con las conexiones a la base de datos. En este archivo hago el paso de los arrays javascript y finalmente de un tercer archivo llamo a estos dos.
Y si he probado a imprimir el count($elemento) y muestra el numero 1997 (Elementos totales)