Hola...
Contestando la pregunta incial:
Cita: no sé qué sistema es mejor si subirlas a la base de datos o crear una carpeta en el servidor y que las suban allí.
La respuesta es ambas...guardas la imagen en el servidor y su ruta en la base de datos..ahora cómo hacerlo la explicación varía dependiendo de cuánto conozcas la programación en php, en un principio te puedo dar un link a una página dónde está muy bien explicado el sistema(vi el aporte en este foro, el blog es de un usuario de foros del web)..aunque lo hacen para dreamweaver por lo que sólo debes considerar el código y no los procedimientos,
http://juaniquillo.com/blog/2010/07/...r-php-y-mysql/
saludos