Vaya, ¿y para que duplicar la iteración si con un solo while se podía?
Código PHP:
while($GeneroEnCurso = mysql_fetch_assoc($GenMostrar)){
$Options1.= "<option value=\"".$GeneroEnCurso['ID']."\">".$GeneroEnCurso['Nombre']."</option>";
$Options2.= "<option value=\"".$GeneroEnCursoNuevo['MLD']."\">".$GeneroEnCursoNuevo['MeritoID']."</option>";
}
A veces los problemas son mas simples de lo que parecen.