Aqui tienes una solución.
Se trata de crear una tabla llamada calendar el ejemplo que ponen genera los 100 primeros dias de 2008... pero modificando la cantidad de numeros entrados en INTS y la fecha inicial no sera dificil de modificar (fijate que se apoyan en un producto cartesiano entres INTS y INTS).
Una vez tienes la tabla calendar del periodo que necesites (o una seleccion de esta entre fechas...)
te dará las fechas que el empleado 1 no trabajo....
Te has planteado que pasa si un empleado entra y sale mas de una vez en un mismo dia o entra pero no sale o sale pero no entra...
(Por cierto a la tabla tambien le puedes llamar calendario... no por nombrarla en ingles va a funcionar mejor)