mas o menos
imaginemos que estas en index.php y ay una imagen
1 al hacer link en la miniatura en vez de ir a la imagen grande iria a una pagina nueva q tu crees x ejemplo galeria.php pero sin abandonar index.php se sobrepondria como hace el efecto en la imagen grande.
2- todas las miniaturas deben apuntar acia esa pagina nueva por ejemplo galeria.php
3 - el link seria algo asi
<a href="galeria.php?id=mifoto" rel="lightbox" title="my caption">miniatura mi foto</a>
4- en galeria seleccionamos de la bd la imagen y el comentario por ejemplo
'SELECT * FROM imagenes WHERE id='$_GET['id']'');
y ya mostramos la foto y comentario