Migración de cuentas con WHM + SCP

[Agripado]

Hola el domingo migré unas cuentas de mi servidor viejo a uno nuevo con la utilidad de migración de WHM/Cpanel, y lo hizo joya, pero la pregunta es:

Del domingo acá hay usuarios que en el servidor viejo han actualizado información en sus webs de modo que si levanto la web en el servidor nuevo tendrán información incompleta ya que los cambios se quedarán en el servidor viejo.

Hay alguna manera de sincronizar sólamente los archivos y BD's de todos los usuarios que ya he pasado o mejor borro todo lo que he pasado y reinicio el proceso nuevamente, pidiendole a cada usuario que no realize ningun tipo de actividad en su web?

O en el peor de los casos suspendo todas las cuentas (para evitar actividad en ellas) las transfiero suspendidas y en el server nuevo las rehabilitó.

claro está que ya tengo bien configurado el servidor en cuanto a nameservers y DNS's.

Espero me den luces de como hacer.

P.D. Lo del SCP lo utilizo para migrar las cuentas mayores a 1GB, transfiero todo por WHM haciendo uso de skip home dir y luego lo transfiero por scp del server viejo al nuevo.

Espero no haberlos confundido.