Correcto, como dice Patriarka puedes menter una conexion a la BD en cada variable:
Código PHP:
<?php
$conne = mysql_connect ('ip_servidor', 'root','clave');
$selec = mysql_select_db('mi_base_datos') or die('error al seleccionar la base de datos');
$conne_web = mysql_connect ('ip_servidor_web', 'root','clave');
$selec_web = mysql_select_db('mi_base_datos_web') or die('error al seleccionar la base de datos');
?>