Opinion muy personal...
No tendrias porque casarte con alguna tecnologia. En los trabajos siempre es bien recibido que sepas de varios lenguajes. Tampoco se trata de que trates de aprender todos los lenguajes (php, java, visual basic, C++, C#, python, groovy, perl, ruby, etc. etc. etc.) pero no tengas conocimientos profundos sobre cada uno. Si aprendes unicamente sobre las 2 tecnologias que mencionas y ahondas en conocimientos, te aseguro que estaras bien preparado para la mayoria de los trabajos. Obviamente hay que combinarlo con conocimientos sobre web como HTML, CSS, javascript.
Segun mi experiencia laboral, cuando una empresa desarrolla por ejemplo en web utilizando .NET, toda la tecnologia alrededor tambien es de Microsoft: servidor Windows Server con IIS y servidor de base de datos SQL server. Creo que todos sabemos que las tecnologias desarrolladas por Microsoft estan diseñadas para acoplarse muy facil (y sobretodo eficientemente) con la demas tecnologia de la misma marca. Si desarrollas en .NET para un servidor Windows Server seguramente se ejecutara muy bien y rapido. Existen opciones libres para .NET pero creo que nunca se ejecutaran como lo hacet .NET framework.
En contraparte, los desarrollos en .NET se limitan unicamente a Windows haciendo imposible (o al menos muy dificil e ineficiente) migrar la aplicacion a otros sistemas operativos o servidores web.
NOTA: dejo de llamarse J2EE hace varias versiones, revisa al final de esta pagina
http://www.oracle.com/technetwork/ja...iew/index.html
Si desarrollas en Java EE, tu aplicacion podra ser facilmente empaquetada y migrada a un servidor Java distinto sin ningun problema (siempre y cuando el nuevo servidor acepte la misma version de Java que el anterior). Existen muchos servidores Java gratuitos que pueden instalarse en Linux, Windows, BSD. El lenguaje Java es muy potente y puedes desarrollar cualquier tipo de aplicacion con el.
No sabria que decirte sobre la curva de aprendizaje. Pero si puedo decirte que si no has utilizado Java SE, te sera muy dificil y a veces frustrante aprender Java EE.
Teniendo el conocimiento sobre ambos lenguajes (C# y Java) te da las habilidades para desarrollar aplicaciones para dispositivos moviles, de escritorio y web.
De nuevo, todo esto es opinion personal basado en mi experiencia laboral.