proyecto en php de gestion de usuarios

[ahaugas]

correcto, las id siempre en autoincrement, para que cada vez que inserte un registro se incremente.
si tienes varias tablas y en cada una tienes una id, por ejemplo
tabla usuarios
campos Name, surname, date,email1,password1,alias,permisos,ultima_activi dad

y quieres sacar permisos de la tabla de permisos, seria
tabla permisos
campos id,alias,permisos

o solo un permiso por usuario

tabla permisos
campos id,permisos

es muy sencillo.
se pede hacer con inner join o consultas individeuales en php como quieras.