PHP y tabla N-N

[chumy_]

stimados, necesito saber como hacer funcionar una pagina donde hay que vincular o desvincular un usuario por tabla N-N. Solicite ayuda en el foro mysql para saber como diseñar una ddbb donde un usuario puede estar relacionado a varios proyectos, y un proyecto puede estar relacionado a varios usuarios...

Mi problema es que no se como funcionan las relaciones con las tablas foraneas y primarias y como se debe programar esto en php para que lo anterior funcione (proyectos - usuarios)

Alguien que me pueda explicar bien como funciona todo esto???