Hola Untergang:
Las ventanas popup tradicionales funcionan igual en netscape, en explorer y en todos los navegadores "normales"...
Hay popups propios de explorer que se abren con createPopup (o algo así...

). Pero si hablas de las ventanas abiertas con window.open se manejan de igual manera... es posible que explorer admita abrirlas sin poner el window adelante (no lo sé), o que admita abrir ventanas con otra sintaxis...
el método moveTo de window se usa con los parámetros de la nueva ubicación de las coordenadas x, y...
ejemplo:
ventana = window.open("ventana.html", "", "top=10,left=20,width=300,top=100");
ventana.moveTo(0, 0);
Espero que te sirva.
Saludos