Pues, cuando le asignas el importe:
Código PHP:
$vips[$vip] += (int)$row_ver['em_importe'];
Puedes dividirlo entre el número de elementos en $separacion.
Vendría a ser algo así
Código PHP:
$vips[$vip] += (int)$row_ver['em_importe']/count($separacion);
Un saludo