MySql se puede instalar solo sin un servidor Web, se instala como un servicio tal como se podria hacer con Sql Server o Oracle o cualquier motor de bases de datos
[URL="http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/windows-installation.html"]http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/windows-installation.html[/URL]
A mi forma de vista que la aplicación se ejecute mediante el motor de java osea con el .jar es de gran utilidad, una de las ventajas que le podrias ofrecer a tus posibles clientes es que se puede instalar bajo plataformas de sw Libre que no tendrian que comprar licencias extras, Bueno es mi punto de vista espero que sea de Ayuda..
