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Iniciado por chuidiang 
Hola:
"ya que se ejecuta sobre un servidor web" . ¿El qué? ¿Tu aplicación de escritorio o la base de datos MySQL?. La base de datos MySQL se puede instalar y ejecutar en cualquier PC.
En gratuito y muy usadas MySQL y PostgreSQL. Si es un programa para que use la gente sin necesidad de una instalación previa compleja, puedes usar Apache Derby, iria con tu misma aplicación java (la base de datos está en java y sólo tendrías que incluir los jar correspondientes) y no necesita instalación. De todas formas, no se recomienda este tipo de base de datos (embebidas en java como Apache Derby) en entornos de producción serios.
Se bueno.
Primero que todo, millones de gracias por responder y segundo te comento, lo que quise poner es que Mysql no, por que su instalación requiere la instalación también de un servidor web....no voy a ir por cada maquina cliente instalando servidores, ni yo voy a brindar (por el momento) un motor de base de datos colgada en la nube.
Lo que yo quiero es brindar un .exe (en java) que con solo su instalación pueda ejecutarse, guardar informcion y brindar una interacción con el usuario muy buena....
Espero haberme explicado bien.. te mando un saludo..!!!