Visualización y alineación en diversos navegadores

[madhatterdef]

Primero no tiene que ver con la alineación sino con el tamaño del mismo
(no excedas los 1000 o 1005px).
Segundo te recomiendo exportar solo el swf y usar este código para insertarlo donde quieras.
Remplaza los nombres, anchos, altos, urls y quita el
<param name="wmode" value="transparent" />
y el
wmode="transparent"

si no quieres que el fondo se vea transparente

<center><object id="nombre" width="ancho" height="alto" classid="nombre">
<param name="wmode" value="transparent" />
<param name="src" value="url.swf" />
<embed id="nombre" width="ancho" height="alto" type="application/x-shockwave-flash" src="url.swf" wmode="transparent" />
</object></center>
el tuyo quedaría así

<center><object id="index" width="990" height="768" classid="index">
<param name="wmode" value="transparent" />
<param name="src" value=".index.swf" />
<embed id="index" width="990" height="768" type="application/x-shockwave-flash" src="index.swf" wmode="transparent" />
</object></center>

luego cúentame como te fue